Época colonial
Cabildo de Asunción (1537-1811).
Artículos principales: Gobernación del Río de la Plata y del Paraguay, Gobernación del Paraguay, y Intendencia del Paraguay
Los primeros europeos llegaron a la zona a principios del siglo XVI y fundaron Asunción el 15 de agosto de 1537. La ciudad finalmente se convirtió en la cabecera de una provincia colonial española, llegando a conocerse como "Madre de Ciudades" ya que de ella partieron las corrientes pobladoras y repobladoras de diversas ciudades: Ontiveros, Ciudad Real del Guayra y (la primera) Villa Rica del Espíritu Santo en el departamento (provincia) del Guayrá (actual estado brasileño de Paraná), Jérez del Itatín (en el actual Mato Grosso do Sul), Santa Cruz de la Sierra, así como las importantes ciudades argentinas de Buenos Aires, Corrientes, Santa Fe y Concepción de Buena Esperanza.
En 1717 la rebelión Comunera representó el primer grito de libertad de toda América, pero con la derrota en la batalla de Tovatí en 1721 se impusieron duras sanciones al departamento que asfixiaron completamente su economía.