Siglo XIX: La familia real portuguesa y el estancamiento económico
En el año de 1808, la familia real portuguesa llegó a Brasil huyendo de las invasiones napoleónicas que se estaban dando en la península ibérica. Se establecieron en la capital de la colonia, Río de Janeiro. Allí se vieron enfrentados junto con la nobleza a problemas de adaptación con el lugar, pues no existían las condiciones de lujo y confort a las que estaban acostumbradas en Portugal. Por esta razón comenzó un rápido proceso de implementación en el sur del Brasil dejando abandonados otros territorios en el norte, entre ellos Roraima. No obstante, el Fuerte San Joaquín, se mantuvo en pié durante más de un siglo sirviendo de sentinela a la soberanía portuguesa en el norte de Suramérica; durante este período, los soldados portugueses se vieron enfrentados a varios intentos de invasión extranjera. Los comandantes del fuerte desde su construcción hasta su ocaso fueron:
Capitán Nicolau de Sá Sarmento (1787)
Capitán Inácio Magalhães (1830)
Capitán Ambrósio Aires (1835)
Capitán José Barros Leal (1839)
Mayor Coelho (1842)
Capitán Bento Brasil (1852)
Cabo Pedro Rodrigues (1899)