El siglo XX comienza en Colombia en medio de la más sangrienta de las guerras civiles: la Guerra de los Mil Días. Esto, junto con la separación de Panamá, conducen al gobierno caudillista de Rafael Reyes quien, tras un inicio de gobierno exitoso, se ve obligado a huir del cargo en 1909.
Tras una reforma constitucional en 1910 que prohibió a las fuerzas armadas participar en política, Colombia ha sido uno de los países institucionalmente más estables en América del Sur. La política partidista y electoral se ha mantenido estable, con apenas una breve interrupción (1953-57) propiciada por la misma clase política. Esta estabilidad política no ha sido, sin embargo, del todo pacífica.
Entre 1886 y 1930, la presidencia estuvo en manos del Partido Conservador, en un periodo conocido como Hegemonía Conservadora, dicho partido culpaba aún a los liberales de la guerra de los mil días.
En 1932 se desata la guerra entre Colombia y Perú, siendo esta la primera guerra internacional de Colombia como república.
Entre 1930 y 1946 el partido liberal tomó el poder gobernando desde una perspectiva revanchista. Tras divisiones internas liberales, los conservadores retoman el poder presidencial con Mariano Ospina Pérez (más no las mayorías en el congreso), creciendo el grado de la violencia política, sobre todo a partir del asesinato de Jorge Eliécer Gaitán, el 9 de abril de 1948 y de la abstención del partido liberal de participar en las elecciones presidenciales de 1950, en las cuales se elige a Laureano Gómez quien propicia la violencia bipartidista en Colombia, durante este tiempo el gobierno de Colombia también envió un contingente de soldados a la Guerra de Corea.
A partir del asesinato de Gaitán, se da inicio en Colombia al periodo que se conoce como La Violencia, en el que las regiones tradicionalmente fieles a uno u otro partido comienzan grandes purgas locales contra miembros de otros partidos políticos.
Particularmente importantes son los movimientos de autodefensas campesinas del Tolima y de los llanos orientales quienes organizaron células guerrilleras móviles y efectivas. Las guerrillas del llano, al mando de Guadalupe Salcedo y otros comandantes locales promulgaron en Vega Perdida la primera Constitución de Vega Perdida. Dicha iniciativa de independencia se perdió debido a que el Partido Comunista pretendió aprovechar la labor ya realizada por los guerrilleros e imprimir su influencia al movimiento. Los líderes guerrilleros, que eran predominantemente liberales, prefirieron desistir de la Constitución llanera.
Con la intención de pacificar al país, la clase política propicia un golpe de estado y le entrega el poder al general Gustavo Rojas Pinilla en 1953. La mayoría de las guerrillas, atraídas por las propuestas de paz del Gobierno, entregaron sus armas. En varios casos los líderes o algunos de los miembros de estos grupos fueron asesinados meses o inclusive años después.
Un acuerdo entre los partidos liberal y conservador, pone fin a la dictadura de Rojas Pinilla, y tras una Junta Militar provisional se crea el Frente Nacional como un regreso a la democracia electoral repartiendo la alternancia en la presidencia entre estos dos partidos mayoritarios. Si bien este Frente Nacional pone fin a la violencia bipartidista, cierra las puertas a otras opciones, algunas de las cuales deciden tomar el camino de la lucha armada.
Favorecidos por un ambiente contrainsurgente, los antiguos guerrilleros de los años 50 encuentran un medio represivo que sirve como hervidero para ideas de izquierda. Apoyados por el Partido Comunista y por algunos intelectuales y sacerdotes españoles, se crean el ELN y las FARC entre otros grupos. La repartición del poder entre liberales y conservadores continúa aún después de terminado el Frente en 1974, si bien se empieza a permitir la participación política de otros partidos a partir de la reforma constitucional de 1968, inicialmente al nivel local y regional.