Historia La ciudad fue fundada el día 1 de enero de 1727, por Rodrigo César de Menezes, capitán general de la Capitanía de São Paulo en territorio que entonces era de jurisdicción española - más exactamente de la Provincia del Paraguay-. En 1722, se encontró oro en grandes cantidades en las márgenes de la Prainha. Existe confusión con la fundación de Arraial da Forquilha, fundada el día 8 de abril de 1719, por cuestiones ideológicas. Estudios históricos muestran una diferencia, alegando que el día 1° de enero sería la fecha de elevación de Arraial da Forquilha a categoría de villa. Lo que ilógico, porque no se puede fundar una ciudad en un lugar que sería descubierto un año después. Por lo que, el día 8 de abril se firmó la fundación de la ciudad, la primera del Oeste Brasileño. La Vila Real do Senhor Bom Jesus de Cuiabá, como era designada en los tiempos coloniales, obtuvo el status de ciudad el día 17 de septiembre de 1818, y capital del estado en agosto de 1835 (antes la capital era Vila Bela da Santíssima Trindade).
Durante la segunda mitad del siglo XVIII, después del agotamiento del oro, la ciudad entró en una decadencia, que cambiaría con la Guerra de la Triple Alianza y los inventos de infraestructura. La economía estuvo en ese periodo basada en la caña de azúcar. Pero al final del siglo XIX la ciudad vuelve a estar estancada, permaneciendo así hasta 1930. Durante ese periodo, el aislamiento hizo que la ciudad creciera de una manera particular y su cultura se vuelva única.
A partir de 1930 el aislamiento desaparece con las conexiones férreas con Goiás y São Paulo, así como con la aviación comercial. El boom del crecimiento se da después de 1960, con la transferencia de la capital federal y con el programa de poblamiento del interior del país. En las décadas de 1970 y 1980 la ciudad creció mucho, pero los servicios de infraestructura no se expanden con la misma rapidez. El agro-negocio se expande por todo el estado, la ciudad comienza a modernizarse e industrializarse. En 20 años se convierte de ciudad en metrópolis.
Después de 1990, la tasa de crecimiento poblacional disminuye, y el turismo comienza a ser visto como una fuente de ingresos. Con más de 500 mil habitantes, la ciudad convive con los embotellamientos de tránsito, una creciente violencia, la falta de saneamiento básico y la desigualdad social.