Antes de la llegada de los europeos hacia el siglo XVI el territorio del actual estado de Mato Grosso do Sul estaba poblado por diversas etnias que frecuentemente estaban en lucha, pueblos pampidos como los caduveo y bororo, pueblos lagidos o meclados como los ishir y "lenguas", pueblos de origenes amazonidos como los guaraníes. Desde el siglo XVI los españoles y los misioneros jesuitas bajo protección española crearon diversos establecimientos entre los que se destacaron los del Itatín subordinados al cabildo de Asunción del Paraguay, sin embargo esto no impidió las constantes malocas de bandeirantes y mamelucos lusobrasileños.Tras la creación del Virreinato del Río de la Plata ya gran parte del área antes hispana había sido ocupada por los lusobrasileños aunque los límites con el nuevo virreinato estaban dados por el río Igurey afluente directo del río Paraná y el Corrientes afluente directo del río Paraguay, la ubicación exacta del Corrientes era por demás discutida ya que aunque probablemente correspondía al también llamado Mbotetey (luego llamado por los brasileños Miranda) también se confundía con el río Blanco (hoy río Branco). Tras la independencia del Paraguay gran parte del actual Mato Grosso do Sul pasó por uti possidetis iure a ser parte del territorio paraguayo, pero ni Portugal primero ni Brasil reconocieron los límites del uti possidetis y exigieron al estado paraguayo los límites del Apa y del río Carapá o, en todo caso, la baja cordillera del Igatemi; el área «contestada» al Paraguay por Brasil era rica en campos de hierba mate o, hacia el este, en zonas de buenas pasturas para ganado vacuno (Campos de Vaquería) mientras que al este daba con el estratégico Gran Pantanal regulador de los flujos de agua dulce en la Cuenca del Plata. El territorio disputado fue neutralizado hasta que en 1863 subrepticiamente el estado brasileño estableció un fuerte en la zona de Dourados, estos fueron causales para que en 1864 se iniciara abiertamente la guerra entre Brasil y Paraguay la cual se transformó en la sangrienta Guerra de la Triple Alianza, al inicio de tal guerra los paraguayos pudieron consolidar su control en las áreas pretendidas por Brasil reconquistar la zona del Itatín, al finalizar la guerra en 1870 el Brasil obtuvo todos los territorio litigados los cuales quedaron incorporados a la entonces provincia del Mato Grosso. Tras la Guerra del Acre entre Brasil y Bolivia aunque nominalmente Brasil reconocía como bolivianos territorios que nunca fueron brasileños también Brasil adquiría de Bolivia no solo el Acre sino además territorios en el Alto Paraguay y Alto Jauru estableciendose desde entonces límites geodésicos artificiales en esa zona.Durante la Segunda Guerra Mundial se creo el territorio especial de Punta Pora que en gran medida correspondía a los territorios adquiridos por Brasil al Paraguay por el tratado de Cotegipe luego el territorio fue reincorporado al Mato Grosso.Las ideas separatistas de Mato Grosso do Sul tuvieron inicio al comienzo del siglo XX, con una revuelta liderada por el coronel Mascarenhas, que resultó en la derrota de los rebeldes. El norte siempre resistió, por temor al vaciamiento económico del Estado.
Durante la Revolución Constitucionalista de 1932, la región sur se adhirió al movimiento, bajo la condición de que en caso de ganar, obtendría la división. El 11 de octubre de 1977, Mato Grosso do Sul fue finalmente separado, transformándose en Estado el 1 de enero de 1979, con la posesión del primer gobernador y de la Asamblea Constituyente.
La primera elección se llevó a cabo en 1982. Para justificar la separación, el gobierno federal argumentó que el antiguo Estado disponía de un área muy extensa, que dificultaba la administración, además de presentar claras diferencias ecológicas.