El Pantanal cubre el extremo oeste del estado; las planicies el noroeste; y las mesetas con los escarpados de las sierras del Bodoquena (antigua Itatín), el este; a excepción de la zona del Pantanal, la mayor parte del territorio está dentro del bioma que los brasileños llaman Cerrado existiendo en las actuales fronteras con Paraguay aún relictos del denso bosque de hierba mate. Los ríos Paraguay, Paraná, Paranaíba, Miranda, Aquidauana, Taquiri, Negro, Apa y Correntes son los ríos principales.